Pedrosa dopo aver dominato tutte le precedenti sessioni di prove libere, riesce anche a conquistare anche la pole position del Gp di Indianapolis 2009 con il cronometro fermato a 1’39.730.
Lo spagnolo conquista cosi la seconda pole position stagionale ( a Le Mans la prima ) precedendo Jorge Lorenzo di oltre mezzo secondo e Valentino Rossi di oltre otto decimi.
Proprio il dottore in ottica gara sembra essere quello messo peggio con la sua M1 afflitta da evidenti problemi di grip sia con gomma dura che con morbida.
Una superiorità quella di Pedrosa che fà presagire la tipica, imprendibile fuga che caratterizza le vittorie dello spagnolo.
Seconda fila per un ottimo Alex De Angelis e i padroni di casa Colin Edwards e Nicky Haiden.
Per gli altri italiani in gara una sessione di qualifiche non esaltante, Andrea Doivizioso ottavo, Marco Melandri nono, Loris Capirossi undiciesimo e Canepa tredicesimo.
